此次兩岸端午包機于６月１２日啟動，兩岸共１１家航空公司在１５日、１６日、１７日、１９日、２１日、２２日總計執飛２１個往返航班。在大陸航點中，上海完成了１４個往返，廈門完成了４個往返，廣州完成了２個往返，北京完成了１個往返。

　　新華社駐大陸各航點的記者在采訪中了解到，此次兩岸端午包機運行順利，雖然端午期間許多大陸臺商多數沒有假期，島內民眾的假期也不如春節長，但包機的上座率總體良好，搭乘包機的乘客除大陸臺商及其眷屬外，還包括來大陸探親訪友或觀光旅游的臺胞。

　　２００６年上半年，兩岸航空業民間組織就兩岸客運包機節日化達成了有關共識，并作出了框架性安排。此次端午包機的完成，標志著兩岸客運包機擴展到中秋、清明、端午等節日已全部完成首次執飛。

　　兩岸航空業者和搭乘包機的臺胞近期在與記者接觸時普遍表示，節日包機還不能滿足廣大臺胞和民航市場的需求，希望能盡早實現包機常態化。