1991年12月16日，為了適應臺灣當局授權成立財團法人海峽交流基金會（簡稱“海基會”）后的新形勢，推動海峽兩岸關系向前發展，國務院授權成立了專職處理兩岸交流事務的社團法人海峽兩岸關系協會（簡稱“海協會”）。20年來，海協會秉持“促進海峽兩岸交往，發展兩岸關系，實現祖國和平統一”的宗旨，在中共中央和中臺辦、國臺辦的直接領導下，做了大量的工作，在兩岸交流互動中扮演了不可或缺的重要角色，對于推動兩岸人民往來、增進彼此的了解、理解，推動兩岸經濟合作、實現互利互惠，推動兩岸文化大交流、豐富中華文化的內涵，確保兩岸交流的正確方向及其秩序與效率，發揮了積極的作用。在某種意義上可以說，沒有海協會的特殊角色及其所起的作用，就不會有兩岸今天的大交流大合作大發展局面的形成。
回顧這20年來海協會的經歷，大致可分為三個階段。
第一個階段從海協會成立起到2000年5月約7年多的時間。這個時期兩岸關系的特點是起起伏伏、時好時壞、欲進還退。海協會成立之初，與海基會在進行事務性商談的過程中，歷經曲折反復，磨合出“九二共識”（即：各自以口頭表述的方式表明“海峽兩岸均堅持一個中國原則”）這一互動的政治基礎。其后，兩岸兩會先后進行了包括第一次“汪辜會談”在內，各種層級的17次商談和1998年10月的政治對話，簽署了4項協議，對解決兩岸交流中的具體問題，維護兩岸同胞的正當權益，促進兩岸經貿合作和各項交流的開展，起了積極作用。第一次“汪辜會談”實現了兩岸高層人士40多年來的首次會晤，邁出了“兩岸關系發展中歷史性的重要一步”。然而由于臺領導人李登輝逐步背離“一中原則”，特別是其1995年訪美期間大搞分裂活動，并于1999年汪道涵即將訪臺前夕發表“兩國論”言論，致使兩岸關系發展的政治基礎迭遭破壞與挑戰，祖國大陸不得不同以李為代表的分裂勢力進行堅決斗爭，兩岸關系陷入緊張狀態，兩會的制度性聯系協商機制遂告中斷。
