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4月14日，臺灣地區(qū)候任領導人馬英九接受香港媒體聯(lián)訪時，正式宣布“海峽交流基金會”（以下簡稱“海基會”）董事長一職，將由國民黨副主席江丙坤出任。5月20日馬英九就職后，在“陸委會”的授權下，將由海基會負責與大陸海峽兩岸關系協(xié)會（以下簡稱“海協(xié)會”）協(xié)商。
4月14日，江丙坤表示，接下新職責任重大，未來將全力以赴，未來將致力于兩岸經(jīng)貿(mào)正常化，協(xié)助馬英九落實發(fā)展經(jīng)濟的選舉政見。
5月7日江丙坤表示，兩岸經(jīng)貿(mào)正常化是未來臺灣海基會的重要工作，他建議優(yōu)先選擇對臺灣有利，或是對兩岸都有利的項目先行開放，各有利弊的項目最后協(xié)商。
5月26日，臺灣海基會舉行臨時董監(jiān)事會，通過高層人事案。推舉國民黨副主席長江丙坤為新任董事長，補選臺當局前“陸委會副主委”高孔廉為副董事長。江丙坤在致詞表示，“海基會”在兩岸交流中具有無可取代的位置，辜汪會晤也為兩岸發(fā)展建立堅實基礎，未來希望能在所有董監(jiān)事的共同努力下，為兩岸正常化創(chuàng)造更有利條件。談及未來工作內容，江丙坤表示，未來重心將放在經(jīng)貿(mào)往來、文化交流的全面正常化上以及保障臺商權益。江丙坤在董監(jiān)事會后發(fā)布兩項人事，由高孔廉兼任海基會秘書長，及前“立委”龐建國出任海基會副秘書長。
5月26日，臺當局“陸委會”正式授權海基會，就周末客、貨運包機和大陸游客赴臺觀光等3項議題與大陸海協(xié)會展開協(xié)商。
臺當局“陸委會”正式授權海基會與海協(xié)會協(xié)商
5月29日，海協(xié)會致函海基會，邀請海基會董事長江丙坤、副董事長兼秘書長高孔廉訪問北京，就兩岸周末包機、大陸居民赴臺旅游事宜進行商談。 江丙坤5月29日上午表示接受海協(xié)會的邀請。
海基會董事長江丙坤、副董事長兼秘書長高孔廉于6月11日至14日率團訪問北京，大陸海協(xié)會和臺灣海基會6月12日正式重啟協(xié)商談判，12日上午，海協(xié)會會長陳云林與海基會董事長江丙坤在北京釣魚臺國賓館舉行商談。這是兩會領導人10年來的首次會談，標志著中斷近10年的兩會制度化協(xié)商正式恢復。
6月13日上午9時，海協(xié)會會長陳云林與海基會董事長江丙坤，在北京釣魚臺賓館就兩岸周末包機與大陸居民赴臺旅游事宜簽署協(xié)議文本。
海協(xié)會海基會就兩項協(xié)商議題簽署協(xié)議文本
10月28日，臺灣海峽交流基金會舉行第六屆董監(jiān)事第三次臨時聯(lián)席會議，會中選舉第七屆董監(jiān)事名單，董事名額首度增設6名，由過去43席增加為49席。其中“政府代表”增加4席，政黨代表減少1席，社會賢達減少1席，企業(yè)捐助實際增加7席。
臺灣海基會董監(jiān)事改選 董事名額由43席增加為49席
11月4日下午，海協(xié)會會長陳云林與海基會董事長江丙坤在臺北簽署了《海峽兩岸空運協(xié)議》《海峽兩岸海運協(xié)議》《海峽兩岸郵政協(xié)議》和《海峽兩岸食品安全協(xié)議》四項協(xié)議。這宣告兩岸同胞盼望已久的兩岸直接通航、通郵即將變成現(xiàn)實。
12月2日，臺灣海基會舉行第7屆第一次董監(jiān)事會，推舉江丙坤續(xù)任董事長，高孔廉、臺大陸事務部門副主管傅棟成與金仁寶董事長許勝雄出任副董事長。高孔廉并兼任海基會秘書長。
臺灣海基會下午舉行董監(jiān)事會 江丙坤續(xù)任董事長
海峽交流基金會”（簡稱“海基會”）于1990年11月21日成立，1991年3月9日舉行開幕式，正式掛牌運行。辜振甫擔任首任董事長，該會內設秘書處，文化服務處、經(jīng)貿(mào)服務處、法律服務處、旅行服務處及綜合服務處等6個業(yè)務單位，主要功能是接受“陸委會”委托，辦理兩岸交流所衍生的各項事務。
“海基會”依章程規(guī)定董事會為基金會之決策機構，掌理基金籌募、保管及運用，秘書長任免，工作方針核定，業(yè)務計劃及預算審議等事宜。董事會設董事長一人、副董事長一至三人。
