國民黨在2013年再度迎來主席選舉。這時候的馬英九執政不佳,民意支持度走入低谷,但依然決定參選以連任。他在競選中強調,改革不能中斷,國民黨必須團結。這次主席選舉,盡管黨內有一些雜音,也有1萬多人投下廢票以示抗議,馬英九最后還是以唯一合格參選人的身份獲得了連任。但隨后馬英九就和王金平爆發了“九月政爭”,兩位重量級人物的紛爭,讓國民黨內部矛盾更加凸顯,也間接導致了國民黨在2014年“九合一”選舉中的慘敗。